ענף התוכנה נדרש בשוק ומהווה את היסוד המהותי בתעשייה עתירת הידע כגון ביוטכנולוגיה ורפואה, רשתות ומחשבים, תקשורת אלחוטית, טלקומוניקציה וביטחון.

המחלקה להנדסת תוכנה בקמפוס באר שבע מציעה לימודי תואר ראשון (.B.Sc) במסלולי התמחות סייבר ומדעי הנתונים (Data science).

תפקיד מהנדס התוכנה הוא ללוות את המוצר מהגדרת הצרכים, דרך הפיתוח שלו ועד להפיכתו למוצר בשוק. מטרת התכנית להכשיר מהנדס תוכנה בעל יכולת אנליטית וידע מעמיק באלגוריתם, בניתוח מערכות Testing ואמינות, ובעל יכולת לבנות מוצר תוכנה אשר יספק את דרישות הלקוח.

המחלקה ללימודי הנדסת תוכנה מציעה מספר מסלולי התמחות*. כל סטודנט וסטודנטית בוחרים את מסלול ההתמחות שלהם בסמסטר השלישי ללימודיהם. בכל מסלול התמחות יש קורסי בחירה ייחודיים, וכן מוצעים לסטודנטים נושאים שונים לפרויקטי גמר.

• סייבר - סייבר הוא מונח כולל לאבטחת מחשבים ורשתות בהיבט ההגנתי ובהיבט התקפי. המחלקה להנדסת תוכנה, בשיתוף גורמים מובילים בתחום הסייבר בישראל, ייסדה את מסלול "סייבר", בו היא מכשירה בוגרים מצטיינים, מומחי סייבר, שישתלבו בתעשיית התוכנה בכלל ובתעשייה הביטחונית בפרט.
• מדעי הנתונים (Data science) - מטרת המסלול היא להרחיב את ידע הסטודנטים בתחומים של עיבוד נתונים גדולים (Big Data), אחזור מידע ונתונים טקסטואליים ברשת, מערכות המלצה ויישומי בינה מלאכותית. הידע הנרכש במסלול הזה נדרש היום בתעשייה כדי לפתח מערכות לחיזוי ואיתור אירועים וחוקים במידע הרב הנמצא בכל מערכת ממוחשבת גדולה.

המחלקה מקיימת לימודי תואר שני (.M.Sc) בהנדסת תוכנה.

*ההתמחויות לא ייכללו בתעודת סיום הלימודים