יחידת פרויקטים מיוחדים הוקמה ב 1999 כהמשך יישום מטרות העל לשמם הוקמה המכללה קדמית להנדסה:
ציונות ומצוינות.
הרעיון שעמד מאחורי הקמתה של היחידה היה ליצור מסגרת ,אשר תיתן מענה ותמיכה לאוכלוסיות שלומדות במסגרת המכללה ומאידך,תפתח תוכניות חדשות שיאפשרו נגישות טובה יותר ללימודי ההנדסה לאותם האוכלוסיות.
פרויקט ראשון שהתחיל לפעול במסגרת היחידה – היה על"ה (עולים לומדים הנדסה).תוכנית זו
הייתה שונה מכל תוכניות האחרות שפעלו עד כה בארץ הן,בהגדרת מטרותיה וגם בתכניה.
לראשונה,צוות מיוחד היה יוצא לארץ מוצאו של המועמד,בוחן אותו,מראיין אותו וגם מודיע למועמד,באותו יום, על קבלתו/או אי קבלתו לתוכנית באופן כללי ובאיזה מחלקה,מתוך אלו הפועלות במסגרת המכללה,הוא (המועמד) ילמד כאשר יעלה לישראל.בעצם,זו התוכנית היחידה שנותנת אפשרות לכל צעיר לדעת מהו עתידו ל5 שנים הקרובות וזאת לפני שהוא עלה למטוס
בדרך לעלייתו לישראל. העתיד ללימודי ההנדסה.
היחידה פועלת מתוך רגישות לאוכלוסיות מיוחדות המהוות מירכם חברתי בישראל ויוזמת תוכניות נוספות על מנת ליצור נגישות טובה יותר ללימודי ההנדסה לאותם אוכלוסיות.
בדרך זו,פותחו תוכניות כגון:
של"ה (שוחרי טכני להנדסה) – תוכנית שיצרה לתלמידי תיכון נגישות נוחה יותר להשתלב בלימודי ההנדסה עוד במהלך לימודיהם הסדירים.
עתידים – תוכנית שמטרתה היא לתת אפשרות לצעירים – בעלי יכולות גבוהות ,שגרים בפריפריה, בסביבה שלא מעודדת ללימודים אקדמיים – תוכננה לראשונה בצה"ל והופעלה לראשונה במסגרת המכללה בשנת 2002.
התוכנית ממשיכה לפעול גם היום ואפילו נפתחה לאוכלוסיות נוספות – כגון עולים חדשים. (עתידים מעלים).
פעמי העתידים – עוד תוכנית ייחודית שמאפשרת ללמוד לתואר מהנדס בשתי פעימות: שנתיים
ראשונים – לפני גיוס לצה"ל – לתואר הנדסאי עם צבירת נקודות זכות האקדמיות ,שרות בצה"ל
במקצוע ותואר הנדסאי והשלמת תואר מהנדס ,לאחר שרות בצה"ל.
אם תוכניות שהוזכרו – פתחו נגישות ללימודי ההנדסה לצעירים לפני שרותם בצה"ל ,יחידת
פרויקטים פיתחה תוכנית מיוחדת לחיילים משוחררים – עולים בודדים (חמש על"ה).
תוכנית זאת זכתה להרחבה גם לעולים וותיקים – יוצאי קהילה אתיופית מתוך רצון לתרום לשילובם של הצעירים – יוצאי הקהילה להשתלב בלימודי ההנדסה ובחברה ישראלית – כמהנדסים (100 מהנדסים יוצאי קהילה עד שנת 2014 ).
משנת 2005, יחידת פרויקטים מפעילה תוכניות מסע – תוכניות מיוחדות לצעירים מכל העולם,זכאי העלייה – המאפשרת לצעירים לחיות בישראל לפחות שנה אחת – כתיירים,להכיר \ את הארץ ואולי,בסופו של תהליך לעלות לישראל – כעולים חדשים.
יחידת פרויקטים מפעילה שלוש תוכניות שונות (כל אחת אורכה שני סמסטרים): JESIE ,ישראל
בצילום וגרפיקה ותוכנית חדשה,יחסית, JERIE – תוכנית המיועדת לצעירים אקדמיים המעוניינים להשתלב במרכזי המחקר שפועלים במסגרת המכללה האקדמית להנדסה סמי שמעון.